农药和医药都是具有特定生物活性功能的化学品，某些情况下它们的生物功能在其分子靶标部位是重叠的，或者作用于类似的生命过程或分子结构。在某一些程度上，也许正是由于这方面的原因，许多大型化学公司，如拜耳、陶氏和巴斯夫都同时拥有医药和农药事务。在企业内部通过种种途径得到的化合物大都会分别进行医药活性和农药活性评价，有些农药先导化合物被作为医药进行开发，反之亦然。只不过有关信息很少会公开发表，而只能从专利文献中略见端倪。在研究初期，考察一个化合物（尤其是化学合成的化合物）是否会具有潜在的医药或农药活性，首先是观察其理化性能。统计分析数据表明，农药类化合物和医药类化合物的理化性能是非常一致的，更有统计数据表明，药物分子结构中最常见的20种取代基居然也是农药分子结构中最常见的，而且出现的频率也几乎相同；现有商品化的化学药物中约有70%属于杂环化合物，化学农药中杂环化合物的比例也大致如此。这在很大程度上可能是由于化学工作者受制于目前的化学合成技术水平，也原因是某些特定的程度上分子靶标部位的相似性。药物发现研究涉及化学多样性探索、分子设计和生物活性筛选，并且更倾向于采用离体筛选和集电子信息生物学于一体的虚拟筛选途径。现代农药的发现研究通常也涉及类似的过程，只不过仍有相当量的化合物是采用活体筛选，然后再通过离体方法测定其分子靶标。已经发现某些农药（如杀鼠灵）或化学结构上类似的化合物是良好的医用药物。有时候一个特定化合物作为农药用途与作为医药用途的分子靶标部位有时甚至是相同的。如三酮类药物尼替西农是儿科酪氨酸血症治疗药，其用于帕金森症也已进入临床阶段，其在化学结构上与三酮类除草剂甲基磺草酮十分相近，作用靶标也完全相同，均是对羟基苯基丙酮酸酯双氧化酶（HPPD）抑制剂，尽管HPPD在植物中的功能与在人体中的功能大径相庭。又如磺酰胺类除草剂磺草灵和磺酰胺类药物磺胺的作用靶标都是二氢喋呤合成酶(DHPS)，而这种酶在植物和微生物体内的功能均涉及叶酸合成。再如类杀菌剂，如氟康唑和氧环唑，是作用于真菌的甾醇合成抑制剂，既作为医用杀菌剂，又作为农用杀菌剂，抗真菌药物氟康唑最初的专利申请恰恰是农业用途。但是对于化学结构类似的一些其它化合物，如磺酰脲类，作为药物的分子靶标与作为农药的分子靶标则是截然不同的。用于杀灭病菌生物体的药物，包括抗疟药和医用杀菌剂，可以认为其就是农药，其作用都是杀灭有害生物体，只不过药物是用于杀灭活动在人体内的有害生物。业已发现，许多农药品种对传染性疾病和重大非传染性疾病具有防治作用。当然，目前作为药物在市场上销售的农药品种只有杀鼠灵，其用作抗凝血药物，除此之外，尚未见到其它农药的有效成分作为药物进入商品市场。究其原因，不外乎市场定位、经济因素、公众接受度和管理法规等。但是，从科学的角度，药物化学、农药化学及其靶标部位显然有诸多雷同之处。
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